Mirip dengan generasi kedua mobil, yang ketiga datang dengan MR2 yang sama sekali baru, kendaraan Toyota yang juga disebut MR-S dan MR2 Spyder. Meskipun terlihat mirip dengan Porsche Boxster 1996, MR2 baru didasarkan pada konsep yang diluncurkan oleh perusahaan Jepang pada edisi 1997 dari Tokyo Motorshow. Tersedia dalam dua gaya tubuh, convertible 2 pintu dan coupe 2 pintu, MR2 baru dilengkapi dengan mesin baru, yaitu 1,6 liter L4 yang mengembangkan 140 tenaga kuda. Selain itu, Toyota merilis dua versi transmisi baru, 5 kecepatan dan gearbox manual 6-percepatan.