Generasi 1998 Audi A6 menerima facelift pertama dan satu-satunya pada tahun 2001. Selain dari garis-garis yang didesain ulang (termasuk lampu depan yang direvisi, gril front yang baru berkembang dan sistem pembuangan yang didesain ulang) A6 Avant baru dilengkapi dengan transmisi variabel multitronik yang inovatif terus-menerus (Untuk model roda depan) dan sistem penggerak semua roda permanen 'Quattro' opsional untuk sebagian besar model. Beberapa mesin dimodifikasi dan menerima tenaga kuda ekstra, sedangkan unit 1.8L diganti oleh mesin 130 hp 2.0l baru. Itu dihentikan pada tahun 2004, dengan diperkenalkannya model A6 generasi baru.